北は下北半島から、南は屋久島まで、本州、四国、九州の各地に分布している。 米テキサス州では逃げ出した個体群が野生化しているとも言う。 また、天然記念物に指定されているニホンザルの生息地が6か所ある。 宮崎県串間市の幸島、大分県大分市の高崎山（高崎山自然動物園）、大阪府箕面市の箕面山（箕面山自然動物園）、千葉県富津市の高宕山（高宕山自然動物園）、岡山県高梁市の臥牛山（臥牛山自然動物園）、青森県の下北半島（北限のサル）である。
